En los últimos años el avance de las técnicas de análisis del ADN ha revolucionado el campo de la medicina genómica y genética. Desde Genética Médica News, hacemos una selección de lecturas para actualizarse y ponerse al día en la materia.
Ten years of next-generation sequencing technology. van Dijk EL, et al. 2014.Trends in Genetics
En esta revisión los autores repasan la evolución de las técnicas de secuenciación de última generación, así como las ventajas que han proporcionado. Desde su salida al mercado hace 10 años, tecnología de secuenciación de última generación ha sufrido una constante optimización, enfocada a aumentar la calidad y rapidez, reduciendo los costes y tiempo de procesado. En paralelo, se han desarrollado diferentes aplicaciones (secuenciación de ADN genómico, secuenciación de exomas, secuenciación de ARN, técnicas basadas en localización, análisis de metilación, análisis estructural…) que pueden ser utilizadas en distintas áreas: ciencia básica, diagnóstico clínico, medicina forense, agrigenómica… La revisión incluye también una comparación de las tecnologías de secuenciación disponibles en las diferentes casas comerciales, evaluando sus beneficios y desventajas.
The next-generation sequencing revolution and its impact on genomics. Koboldt DC, et al. 2013. Cell
Koboldt y colaboradores exploran el estado actual de la genómica y cómo esta disciplina se ha visto impulsada con la aparición y mejora de las tecnologías de secuenciación de última generación (NGS), enfocando el trabajo en los avances realizados en el estudio de las enfermedades humanas. Los autores revisan la utilización de las NGS en la detección de variantes genómicas de relevancia clínica: detección de variantes raras, mutaciones de novo, enfermedades mendelianas raras, variantes somáticas…También revisan la aplicación de la tecnología en diferentes ámbitos: genómica del cáncer, farmacogenómica, análisis de ADN circulante, pruebas diagnósticas prenatales, combinación de secuenciación con estudios de asociación del genoma completo, enfermedades complejas…
Molecular Findings Among Patients Referred for Clinical Whole-Exome Sequencing. Yang Y, et al. 2014. The Journal of the American Medical Association
El trabajo de Yang y colaboradores, constituye un buen ejemplo de la utilización de exomas en el ámbito clínico para el diagnóstico de enfermedades mendelianas raras, en pacientes que presentan una manifestación de la enfermedad no específica o poco común y que no han podido ser diagnosticados de otra forma. Los autores presentan su protocolo de identificación de variantes patológicas, obteniendo diagnóstico molecular para el 25% de los pacientes analizados.
Solving the molecular diagnostic testing conundrum for Mendelian disorders in the era of next-generation sequencing: single-gene, gene panel, or exome/genome sequencing. Xue Y, et al. 2014. Genetics in Medicine
Ante la gran disponibilidad de pruebas diagnósticas genéticas tanto simples (de un único gen), múltiples (paneles de genes) o pruebas que analizan el exoma o genoma al completo, Xue y colaboradores analizan las limitaciones y beneficios a los que se enfrentan los médicos para decidir cuál es el mejor método de diagnóstico molecular para pacientes con enfermedades de patrón hereditario.
Molecular genetic testing and the future of clinical genomics. Katsanis SH y Katsanis N. 2013. Nature Reviews Genetics
Una excelente revisión que analiza los métodos de diagnóstico molecular a nivel clínico, ya disponibles en la actualidad o en desarrollo, así como sus perspectivas de futuro. Ambos autores indican qué factores se deben considerar a la hora de seleccionar una prueba genética, qué el tipo de variación genética que se puede detectar, la sensibilidad, precisión, tiempo de procesado y el coste. También resumen cómo evaluar la validez de la prueba y el tipo de resultado obtenido. Por último, incluyen otras consideraciones importantes en el diagnóstico genético, como la necesidad de fomentar e impulsar la educación en genética médica, los aspectos éticos de los análisis genéticos, las formas de implementar el diagnóstico molecular en el ámbito clínico y cómo presentar los resultados a los pacientes.
Cancer genome landscapes. Vogelstein B, et al. 2013. Science
Los autores realizan una revisión de la arquitectura genómica asociada al cáncer: cuántos genes están mutados, cuándo surgen las mutaciones, tipos de alteraciones en el material hereditario en cáncer, genes conductores, clasificación de las mutaciones, efecto de la heterogeneidad genética en los tumores y rutas moleculares implicadas. Además, aportan una perspectiva sobre cómo es en la actualidad y cómo será la medicina oncológica basada en genómica, así como los retos que conlleva. Así, en el futuro, el plan de tratamiento para cada paciente con cáncer será determinado por la evaluación del genoma en la línea germinal del paciente y el genoma del tumor. Por último los autores resaltan la utilidad de los estudios genómicos, no sólo en el tratamiento, sino en la detección temprana y prevención del cáncer.
Realizing the promise of cancer predisposition genes. Rahman N. 2014. Nature
Nazneen Rahman revisa los genes de predisposición al cáncer identificados hasta la fecha, un total de 114 genes cuyas mutaciones en la línea germinal aumentan moderada o intensamente el riesgo a padecer cáncer. El autor indica las características principales de estos 114 genes, su patrón de herencia, mecanismos de oncogénesis, función y tipos de fenotipos asociados, así como su utilidad clínica en términos de diagnóstico, cuidado del paciente, terapias, rastreo genético y prevención. Rahman llama también a la precaución, y remarca la carga que la incorrecta interpretación de datos genéticos supone al avance de la investigación genómica del cáncer, algo relativamente común, y que puede tener consecuencias muy negativas.
Diagnostic cancer genome sequencing and the contribution of germline variants. Kilpivaara O y Aaltonen, LA. 2013. Science
Kilpivaara y Aaltonen revisan la utilización de métodos de secuenciación del genoma completo para identificar mutaciones en la línea germinal asociadas al cáncer, utilizando el cáncer colorrectal como ejemplo y realizan una serie de consideraciones prácticas sobre el uso de datos genómicos y su integración en el consejo genético, para pacientes afectados de cáncer.
Genomics and personalised whole-of-life healthcare. Bauer DC, et al. 2014. Trends in Molecular Medicine
Artículo donde se resume el potencial de la genómica en el cuidado de la salud. Los autores defienden que con un mayor conocimiento de la variabilidad genómica y de la influencia de los factores ambientales, cómo la nutrición o el estilo de vida, se mejorarían la detección, diagnóstico e intervención en las enfermedades complejas. En ese contexto, el sistema de salud podría evolucionar hacia un seguimiento a lo largo de toda la vida, acompañado de consejos sobre la salud totalmente personalizados.
Individualized medicine from prewomb to tomb. Topol E. 2014. Cell
Eric Topol repasa todas las herramientas ómicas que permiten caracterizar a cada ser humano: secuenciación del y exoma genoma completo, secuenciación de células individuales, transcriptómica, proteómica, metabolómica, epigenoma, microbioma, fisioma y exposoma, y comenta todas las etapas de la vida de una persona, desde antes de nacer hasta su muerte, en las que la aplicación clínica de técnicas genómicas podría ser relevante: planificación familiar, diagnóstico prenatal, prevención y diagnóstico de enfermedades, tratamientos personalizados, aumento de la esperanza de vida, o incluso resultados molecular de la autopsia tras la muerte.
Implementing individualized medicine into the medical practice. Lazaridis KN et al. 2014. American Journal Medical Genetics
La contribución de la medicina genómica sobre la medicina personalizada y el diagnóstico y atención a los pacientes, es un hecho contrastado, No obstante, su implementación en la práctica clínica supone algunos retos y limitaciones para las entidades responsables. Lazaridis y colaboradores abordan este reto y presentan su experiencia y la de su institución, la conocida Clínica Mayo, en la incorporación de la secuenciación de exomas completos al día a día de los profesionales sanitarios.
Managing the ethical challenges of next-generation sequencing in genomic medicine. Clarke AJ. 2014. British Medical Bulletin
La era de la información genómica ha revolucionado la forma de investigar y llevar a cabo diagnósticos, sin embargo ha traído consigo importantes retos y consideraciones éticas y legales, como la comunicación de hallazgos inesperados o de variantes de significación incierta. Angus J Clarke revisa las áreas de controversia y consenso sobre la manipulación y comunicación de información genética sensible y resalta la necesidad de llegar a posturas comunes en las diferentes instituciones.
