El CRG estandariza el análisis de datos de COVID-19 para ayudar a las iniciativas internacionales de investigación

Centro de Regulación Genómica

 

Investigadores del Centro de Regulación Genómica (CRG) han lanzado una nueva base de datos para para ayudar a las iniciativas de investigación internacional que estudian COVID-19.

Es un recurso público y gratuito (https://covid.crg.eu/) que pueden utilizar investigadores de todo el mundo para estudiar cómo las diferentes variaciones del virus crecen, mutan y producen proteínas.

“Los científicos trabajan sin tregua para comprender el SARS-CoV-2, el virus que causa COVID-19, para encontrar sus puntos débiles y vencerlo. Se está publicando una gran cantidad de datos científicos en todo el mundo», afirma Eva Novoa, investigadora del CRG en Barcelona.  «Sin embargo, algunas de las tecnologías que utilizamos para estudiar el SARS-CoV-2, como la secuenciación de ARN mediante nanoporos, son tan nuevas que los resultados de un artículo no son comparables a otro debido a los diferentes estándares y metodologías utilizadas. Estamos tomando todos estos datos y analizándolos para que cumplan con un estándar más universalmente comparable. Esto ayudará a los investigadores a detectar con mayor rapidez y precisión los puntos fuertes y débiles del coronavirus».

 

CRG coronavirus
Estructura del coronavirus de Wuhan. Imagen: CDC/ Alissa Eckert, MS; Dan Higgins, MAM.

 

Para comprender cómo crece, muta y se replica el coronavirus, los científicos tienen que secuenciar el ARN de COVID-19. La secuencia de ARN revela información crucial sobre las proteínas que produce el virus para invadir las células humanas y replicarse, lo que a su vez informa a los gobiernos sobre la tasa de infección y la gravedad de la pandemia.

Las herramientas de secuenciación tradicionales pueden tardar mucho tiempo en proporcionar resultados. En los últimos años, la secuenciación de datos en tiempo real se ha convertido en una realidad gracias al uso de tecnologías de secuenciación mediante nanoporos, revolucionando la investigación genómica y el monitoreo de brotes de enfermedades. La secuenciación mediante nanoporos proporciona a científicos y clínicos acceso inmediato a la información de secuencia de ADN y ARN de cualquier célula viva en tiempo real, lo que permite una respuesta rápida contra la amenaza de una pandemia.

Sin embargo, los datos en bruto producidos por la secuenciación mediante nanoporos son altamente complejos. Actualmente, los científicos y los médicos carecen de pautas sistemáticas para el análisis reproducible de los datos, lo que limita el potencial masivo de esta nueva tecnología.

Para estandarizar el análisis de los datos públicos de secuenciación mediante nanoporos de SARS-CoV-2, los investigadores del CRG en Barcelona están utilizando MasterOfPores, un programa informático desarrollado por el grupo de Eva Novoa y la Unidad de Bioinformática del CRG. El software se describió por primera vez la semana pasada en Frontiers in Genetics.

MasterOfPores se puede ejecutar en cualquier sistema operativo compatible con Unix en un ordenador, clúster o nube, sin la necesidad de instalar ningún software adicional, y está disponible gratuitamente en Github. Este recurso público y gratuito ya ha analizado 3 TB de datos de secuenciación mediante nanoporos de ARN de SARS-CoV-2. Los investigadores de CRG continuarán actualizando este recurso con nuevos datos tan pronto como estén disponibles.

“El Internet, la creciente cultura de ciencia abierta, el intercambio de datos y los preprints han transformado el panorama de la investigación. En años pasados tardaríamos meses en configurar la infraestructura necesaria para para investigar un virus emergente, pero ahora se puede hacer en solo unos días gracias a los nuevos modelos computacionales científicos”, dice Julia Ponomarenko, Jefa de la Unidad de Bioinformática del CRG.

 

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