Epidemiología genómica de la primera ola de COVID-19

Genotipia

El consorcio SeqCOVID, creado para estudiar mediante herramientas genéticas cómo llegó el coronavirus SARS-CoV-2 al España y cómo se ha transmitido desde entonces, ha publicado un informe donde analiza la diversidad genética del virus durante la primera ola de la epidemia de COVID-19, que tuvo lugar entre febrero y abril.

epidemiología genómica
Virus de la familia coronaviridae. / Foto: Luis Enjuanes CNB-CSIC .

El informe del consorcio SeqCOVID, basado en el análisis retrospectivo de la información genómica de muestras de coronavirus de 2170 pacientes de todo el país, señala que la estructura poblacional del virus en España es diferente a la de otros países del entorno, que hubo más de 500 introducciones del virus en el país y que la primera ola estuvo dominada por hasta nueve versiones genómicas del virus exitosas, una de las cuales llegó a representar el 60% de los casos. Además, los investigadores indican que el confinamiento fue muy efectivo con la desaparición de muchos de los genotipos exitosos.

El informe, que no es un documento de publicación científica, sino un informe de situación para las autoridades sanitarias, como indican los autores, muestra los primeros análisis de un proyecto en desarrollo. Por lo tanto, los resultados obtenidos son susceptibles a cambios y actualizaciones.

Diversidad del coronavirus en España

Los datos de 2170 pacientes señalan que España muestra una diversidad única en cuanto al coronavirus, en comparación con otros países de la Unión Europea. Los investigadores estiman que esto se debe a la introducción temprana de linajes del virus originarios de China, al principio de la pandemia. Estos linajes, serían además, los motores de la epidemia inicial.

Múltiples introducciones del virus en España y eventos de superdispersión

El informe indica que se produjeron más de 500 introducciones de SARS-CoV-2 en el país. Este resultado indica que no existe un paciente 0. No obstante, no todas las entradas de virus a España tuvieron éxito epidemiológico y se propagaron a un número elevado de personas.

Los investigadores indican que la primera ola de COVID-19 estuvo dominada por nueve genotipos o variantes del virus exitosos. La evolución de uno de ellos, que llegó a representar el 60% de los casos las primeras semanas de marzo ha sido reconstruida por los investigadores.

“Entre las secuencias analizadas se ha identificado un genotipo que generó el 30% de todos los casos secuenciados, llegando a representar un 60% en la primera semana de marzo”, indica Iñaki Comas, investigador del Instituto de Biomedicina de Valencia IBV-CSIC y uno de los responsables de SeqCOVID. “Una reconstrucción detallada de dicho genotipo demuestra que se introdujo múltiples veces y simultáneamente desde Italia, por lo menos en Madrid y Valencia, antes de que el país transalpino diera la voz de alarma”.

Comas señala también que “Al éxito de estas introducciones contribuyeron eventos de superdispersión, como un funeral en Vitoria, que ayudaron a este genotipo concreto a mantenerse y expandirse rápidamente. La alta movilidad entre provincias españolas hizo el resto para que el genotipo se convirtiera en el más exitoso de la primera ola en España”.

El confinamiento fue efectivo para eliminar genotipos exitosos

El análisis epidemiológico de los genomas del coronavirus indica también que el confinamiento durante marzo y abril fue efectivo para evitar un gran número de contagios de genotipos del coronavirus exitosos, ya que no se han vuelto a detectar en la segunda ola. No obstante, en la segunda ola si se está detectando la aparición de nuevos genotipos con patrones similares.

A raíz de los resultados, el informe sugiere la necesidad de implementar sistemas de vigilancia temprana que identifiquen la expansión de determinados genotipos localmente y entre provincias, de tal manera que se puedan tomar decisiones informadas sobre las actuaciones a realizar para contenerlos.

“Uno de los mensajes más importantes extraídos del informe es la necesidad de tomar medidas de restricción a tiempo para contener estos genotipos antes de que se expandan y tengan un peso tan importante en la epidemia”, destaca Comas. “Como ocurre en otras partes del mundo, al éxito de estos genotipos contribuye una combinación de múltiples introducciones asociadas a eventos de superdispersión y a una alta movilidad”.

Epidemiología genómica del coronavirus en España

La epidemiología genómica utiliza la información de la secuencia del genoma del coronavirus de los pacientes y, a través de las diferencias genéticas entre los virus que infectan a diferentes pacientes, estima la diversidad y transmisión del virus en el tiempo y a nivel geográfico.

En la actualidad SeqCOVID, consorcio para la Epidemiología Genómica de SARS-CoV-2 en España, reúne 40 grupos de profesionales de todo el país, la mayor parte de ellos integrantes de los servicios hospitalarios de Microbiología Clínica. Gracias al esfuerzo combinado de SeqCOVID con otras instituciones para secuenciar el genoma del coronavirus de pacientes, el consorcio ha secuenciado ya más de 4000 secuencias, de las que 3800 han sido depositadas en el repositorio público de GISAID que centraliza la secuenciación del coronavirus a nivel internacional. Esta contribución sitúa a España como cuarto país del mundo y segundo de Europa en su aportación de secuencias del virus.

Fuentes:

INFORME Proyecto COV20/00140 Una perspectiva genómica de la pandemia: lecciones en salud pública. https://digital.csic.es/handle/10261/221802

Un solo genotipo del coronavirus generó el 60% de los casos en la primera semana de marzo. https://www.csic.es/es/actualidad-del-csic/un-solo-genotipo-del-coronavirus-genero-el-60-de-los-casos-en-la-primera-semana

 

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