Utilidad de la secuenciación clínica en pacientes con cáncer pediátrico

Amparo Tolosa, Genotipia

 

Un estudio del Hospital St Jude de Niños muestra el potencial de la secuenciación clínica en los pacientes con cáncer pediátrico recién diagnosticados.

El cáncer es la principal causa de muerte por enfermedad en niños, por lo que existe un gran interés en conocer las características del cáncer pediátrico y utilizar esta información en beneficio de los pacientes. Los avances en genética y genómica de los últimos años han permitido abordar el desarrollo y progresión del cáncer en múltiples pacientes, así como establecer algunas de las características moleculares de esta enfermedad, tanto en adultos como en niños.

Gracias a los estudios genómicos se sabe, por ejemplo, que los cánceres pediátricos presentan mayor prevalencia de alteraciones genéticas germinales y menos mutaciones somáticas y que su tasa de mutación es menor que la observada en los tumores adultos. Esta mejora en el conocimiento del cáncer ha derivado en diferentes aplicaciones en la práctica clínica, así como en nuevas oportunidades diagnósticas y terapéuticas para los pacientes. No obstante, algunos cánceres pediátricos son muy poco frecuentes y sus bases genéticas todavía se desconocen.

 

genómica cáncer pediátrico
Imagen: Darryl Leja y Ernesto Del Aguila III, National Human Genome Research Institute.

 

Con el objetivo de completar el atlas genético del cáncer pediátrico y favorecer su utilización en la práctica clínica, un equipo de investigadores del Hospital St Jude de Niños ha investigado la utilidad clínica de combinar diferentes aproximaciones genómicas para el estudio de los tumores infantiles.

El equipo ha utilizado una estrategia que analiza el genoma, el exoma y el ARN de las células tumorales de forma pareada a los de las células sanas en  pacientes con cáncer pediátrico. Esta estrategia combinada permite identificar tanto cambios estructurales como variantes en un único nucleótido o pequeñas deleciones o inserciones. Además, ofrece una vía para investigar el perfil mutacional del genoma del tumor y estimar qué procesos pueden haber llevado a su aparición.

Los investigadores utilizaron la aproximación genómica en 309 niños diagnosticados con cáncer pediátrico en los que la disponibilidad de muestra permitió analizar el genoma germinal de 300 de ellos, así como el genoma tumoral de 253.

Tras el análisis e interpretación de resultados los investigadores encontraron que un 85% de los pacientes eran portadores de variantes genéticas de interés diagnóstico, pronóstico, terapéutico o de predisposición al cáncer. En la lista de genes afectados por mutaciones o fusiones el equipo destaca BRAF, ALK, MET y ABL1 y señala a EPOR, CRLF2, SH2B3 y USP9X como otros genes de interés sobre los que se podría actuar indirectamente a nivel terapéutico.

El análisis ofrece resultados muy interesantes a nivel terapéutico. Una proporción importante de los tumores analizados presentaban una posible diana terapéutica y en algunos casos, el análisis genómico derivó en cambios en el tratamiento de los pacientes. “A través del análisis genómico detallado fuimos capaces de identificar claramente variaciones tumorales que pueden ser tratadas con agentes dirigidos, abriendo las puertas a cómo los oncólogos tratan a sus pacientes”, ha señalado Kim Nichols, directora de la División de Predisposición al Cáncer del Hospital St Jude.

El equipo resalta que la estrategia combinada y el análisis pareado de muestras tumorales y tejido normal ha permitido identificar la presencia de variantes que habrían pasado desapercibidas en uno de cada cinco pacientes en el caso de utilizar otros métodos habituales. “Algunos de los resultados más relevantes a nivel clínico fueron únicamente posibles porque el estudio combinó secuenciación de genomas completos con secuenciación de exomas y ARN”, destaca Jinghui Zhang, directora el Departamento de Biología Computacional del Hospital St Jude de niños y uno de los autores principales del estudio.

El equipo del Hospital St Jude apuesta por una aproximación que considera que cada tumor y cada paciente son únicos y demuestra la utilidad clínica de combinar diferentes aproximaciones genómicas y estudiar el genoma tumoral y germinal de los pacientes pediátricos. “Queremos cambiar la forma de pensar en este campo”, ha señalado David Wheeler director del equipo de Genómica de Precisión del Hospital St. Jude y uno de los autores del trabajo. “Mostramos el potencial de utilizar datos genómicos a nivel del paciente. Incluso en los cánceres pediátricos comunes, cada tumor es único, cada paciente es único. Este estudio muestra que es factible identificar vulnerabilidades de los tumores y aprender a aprovecharse de ellas para mejorar el cuidado de los pacientes”, señala el investigador.

Más allá de los prometedores resultados, los autores también reconocen las limitaciones que existen para implantar esta estrategia en la mayor parte de los servicios clínicos. Entre ellas destacan aspectos técnicos como la disponibilidad de suficiente muestra, recursos e infraestructura, así como el tiempo necesario para obtener los resultados o el acceso no equitativo de los pacientes a las pruebas genómicas.

De momento, para favorecer el conocimiento sobre las bases genómicas del cáncer pediátrico los datos generados por el proyecto están disponibles para la comunidad científica en el portal St. Jude Cloud.

Referencia: Newman S, et al. Genomes for Kids: The scope of pathogenic mutations in pediatric cancer revealed by comprehensive DNA and RNA sequencing. Cancer Discovery. 2021. DOI: http://dx.doi.org/10.1158/2159-8290.CD-20-1631

Fuente: Comprehensive clinical sequencing opens door to the promise of precision medicine. https://www.stjude.org/media-resources/news-releases/2021-medicine-science-news/comprehensive-clinical-sequencing-opens-door-to-the-promise-of-precision-medicine.html

 

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