GIREMI: una herramienta para identificar sitios de edición del ARN
La edición del ARN es un proceso en el que las moléculas de ARN, una vez transcritas a partir del ADN, sufren una serie de modificaciones en su secuencia original. Uno de los ejemplos es el caso de la desaminación del nucleótido adenosina en inosina, modificación esencial para generar diversidad en el transcriptoma. Defectos en este proceso han sido observados en diversas enfermedades humanas como cáncer, infecciones virales, y desórdenes neurológicos y psiquiátricos como la enfermedad de Alzheimer.
Para poder entender el funcionamiento de la edición del ARN y su relación con las enfermedades humanas es necesario identificar los sitios en los que el ARN es editado. El desarrollo de las técnicas de secuenciación, especialmente de secuenciación del ARN ha permitido avanzar notablemente en este aspecto. No obstante, existen todavía algunas limitaciones, como la necesidad de comparar el transcriptoma con el genoma de la misma persona, para poder diferenciar los sitios de edición del ARN de los polimorfismos genómicos presentes en la secuencia del ADN.
Una nueva herramienta informática desarrollada por la Universidad de California Los Angeles ayudará a los investigadores a identificar los sitios de edición del ARN. La herramienta, denominada GIREMI (de genome-independent identification of RNA editing by mutual information) predice la modificación de adenosina a inosina a partir de información obtenida de la secuenciación de ARN. La idea en la que está basada el método es que mientras que dos polimorfismos genéticos mantienen el mismo haplotipo en el ARN que en el ADN genómico de referencia, en las lecturas obtenidas del ARN la relación entre un polimorfismo y un sitio de edición del ARN no se mantiene, debido a que la edición del ARN ocurre después de su síntesis. “Podemos predecir los sitios de edición del ARN y los SNPs sin tener que secuenciar el genoma completo,” indica Xinshu Xiao, director del trabajo. “Ahora no tenemos que gastar miles de dólares secuenciando el ADN; se puede secuenciar únicamente el ARN. Nuestro método será fácilmente aplicable a todos los conjuntos de datos de ARN y ayudará a identificar SNPs y mutaciones a mucho menor coste de los métodos actuales.” Los resultados iniciales del equipo, apuntan a la existencia de sitios de edición específicos de tejidos , así como patrones evolutivos en las poblaciones humanas.
La herramienta está disponible de forma gratuita en la página web del laboratorio de Xiao, por lo que cualquier investigador puede utilizar el método en su área de investigación. “El método puede ser fácilmente aplicado a cualquier conjunto de datos de secuenciación de ARN para descubrir nuevos sitios de edición específicos a una enfermedad.”
Referencia: Zhang Q, Xiao X. Genome sequence-independent identification of RNA editing sites. Nat Methods. 2015 Mar 2. doi: 10.1038/nmeth.3314.Fuente:
https://www.ibp.ucla.edu/research/xiao/Home.html
