Recomendaciones para el diseño y análisis de paneles de diagnóstico genético

Amparo Tolosa, Genotipia

 

paneles de genes
Los paneles de genes permiten evaluar de forma simultánea múltiples pero limitadas causas genéticas para una enfermedad y son especialmente útiles cuando una condición clínica puede ser producida por diferentes genes. Imagen: Rosario García, Genotipia.

El diagnóstico genético se ha convertido en los últimos años en una potente herramienta para la medicina. Conocer la causa genética de la enfermedad en un paciente puede confirmar el diagnóstico clínico y mejorar las opciones de tratamiento, entre otras posibilidades.

Una de las principales cuestiones que debe abordarse a la hora de realizar una prueba genética diagnóstica es decidir cómo de amplia va a ser la búsqueda. Cuando las características clínicas del paciente apuntan a una entidad clínica concreta, causada por un único gen, el primer paso lógico es analizar dicho gen. En el extremo contrario, cuando se trata de una condición heterogénea de causa genética desconocida, la búsqueda más  amplia posible es aquella que considera el genoma completo del paciente.

Los paneles de genes constituyen una opción intermedia entre el análisis de un único gen y el análisis del genoma completo que ha recibido gran interés en la práctica clínica.  Esta estrategia, que permite evaluar de forma simultánea múltiples pero limitadas causas genéticas para una enfermedad, es especialmente útil cuando una condición clínica puede ser producida por diferentes genes. La principal característica de los paneles de genes es que maximizan la sensibilidad clínica al tiempo que minimizan la carga que un análisis genómico detallado puede suponer en la práctica clínica (no solo en términos de tiempo de análisis o dinero, sino también en probabilidad de encontrar resultados variantes de significado incierto en genes que no era necesario analizar).

Los laboratorios de diagnóstico o empresas que comercializan estos paneles de genes, seleccionan las variantes concretas que desean analizar según su objetivo clínico y diseñan los paneles de genes acordemente. Como resultado, en la actualidad, existe una amplia diversidad de paneles de genes en cuanto a las características que deben cumplir los genes incluidos o la calidad técnica con la que se lleva a cabo el análisis.

Con el objetivo de homogenizar el diseño de paneles de genes en los diferentes laboratorios y definir unos estándares profesionales adecuados, el Colegio Americano de Genética Médica y Genómica (ACMG, en sus siglas en inglés) ha publicado una serie de recomendaciones para el diseño, realización y comunicación de resultados de los paneles génicos en la práctica clínica. Estas recomendaciones, se insiste en el artículo, están destinadas a los paneles génicos utilizados en diagnóstico de pacientes. Los paneles génicos predictivos o de cribado portadores tienen sus correspondientes recomendaciones específicas.

“Dado que los paneles de genes sirven cada vez más como análisis de primera línea en muchos trastornos genéticos, estos estándares son críticos para armonizar el análisis en diferentes laboratorios diagnósticos, mantener un elevado estándar de calidad y disminuir el tiempo de diagnóstico para los pacientes”, destacan los autores en el artículo que recoge las recomendaciones, publicado en Genetics in Medicine, publicación científica del ACMG.

Las recomendaciones sobre los paneles génicos están divididas en aspectos relacionados con el diseño del panel génico, consideraciones a tener en cuenta respecto a las variantes a seleccionar, aspectos técnicos del análisis e información que debería contener el informe del análisis realizado por el laboratorio.

El ACMG considera que un panel génico está bien diseñado cuando: es coste-efectivo para una entidad clínica concreta, maximiza la sensibilidad clínica incluyendo todos los genes asociados con la entidad clínica, incluye genes de significado incierto con evidencias emergentes siempre que se confirmen criterios adicionales, minimizan la detección de variantes de significado incierto y utilizan ensayos auxiliares para genes o regiones génicas que no pueden analizarse por las técnicas de secuenciación habituales.

Los paneles de genes de diagnóstico son una herramienta clínica y como tal los informes resultantes deben reunir una serie de características importantes, para facilitar la transparencia del análisis. La ACMG recomienda firmemente informar adecuadamente sobre lo que se ha analizado y el poder analítico con el que se ha trabajado. Así, cada informe debería incluir las indicaciones clínicas para las que se ha diseñado el panel génico, la sensibilidad y especificidad clínica (si se conoce), la lista de genes incluidos en el panel, información relevante sobre estos genes y limitaciones del panel.

Por último, el artículo incluye una pauta de trabajo para el diseño, evaluación e implementación de paneles génicos diagnósticos, que puede ser utilizada como guía por laboratorios y laboratorios clínicos.

Referencia: Bean LJH, et al. Diagnostic gene sequencing panels: from design to report—a technical standard of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Gen Med. 2019. Doi: https://doi.org/10.1038/s41436-019-0666-z

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