Descrita una variante del coronavirus relacionada con infecciones menos graves

Amparo Tolosa, Genotipia

 

Investigadores del Centro Nacional de Enfermedades Infecciosas de Singapur y la Facultad de Medicina Duke de la Universidad Pública de Singapur describen en un artículo publicado en The Lancet una variante del coronavirus SARS-CoV-2 que parece llevar a una forma de COVID-19 menos grave. La variante del virus, que consiste en una deleción en el gen ORF8, ya no está en circulación pero su estudio podría contribuir a mejorar el conocimiento sobre el virus y el desarrollo de tratamientos.

variante del coronavirus
Partículas de coronavirus SARS-CoV-2. Imagen: NIAID Integrated Research Facility (IRF), Fort Detrick, Maryland. CC BY 2.0 (https://creativecommons.org/licenses/by/2.0/).

¿Cuáles son los resultados del trabajo?

El artículo publicado en The Lancet, describe los efectos clínicos de una variante del coronavirus caracterizada por la ausencia de un fragmento de 382 nucleótidos en el en el gen ORF8. Esta variante fue detectada en un conjunto de pacientes diagnosticados en Singapur entre enero y marzo y procedía inicialmente de viajeros procedentes de Wuhan.

Los investigadores compararon los casos de 92 pacientes infectados con la forma original del virus con los de 39 personas infectadas con la variante Δ382 del virus y encontraron que los resultados clínicos de estos últimos eran mejores. Por ejemplo, ningún paciente  con la variante Δ382 necesitó oxígeno ni fue ingresado en la UCI.

Además, el equipo observó que los pacientes con la variante Δ382 de SARS-CoV-2 presentaban una menor respuesta inflamatoria en el organismo,  una mejor respuesta inmunitaria mediada por los linfocitos T e indicios de menor daño en los pulmones.

Estos resultados se ven reforzados por estudios realizados con el coronavirus SARS-CoV, responsable de los brotes de Síndrome Agudo Respiratorio Severo (SARS) en 2002 y 2003, cuando se observó que deleciones en ORF8 reducían la replicación del virus en laboratorio. En aquel momento, no se pudo observar, sin embargo, los efectos de estas variantes en la progresión clínica de los pacientes.

¿Por qué son relevantes?

La variante Δ382 ha sido contenida y no está en circulación. No obstante, los resultados obtenidos en el estudio siguen siendo relevantes porque proporcionan información importante sobre el virus. “Se espera que el virus mute con el tiempo y esto pueda llevar a cambios en sus características. Este estudio demuestra que la variante Δ382 de SARS-CoV-2 llevó a una forma suave de enfermedad clínica e indujo una respuesta inmunitaria más robusta. También resalta la importancia de tener preparado un sistema para monitorizar los cambios genéticos evolutivos con el tiempo y estudiar el impacto de esos cambios en los hospedadores humanos”, señala Leo Yee Sin, director ejecutivo del Centro Nacional de Enfermedades Infecciosas de Singapur

La presencia de deleciones en el gen ORF8 parece ser relativamente común en SARS-CoV-2 . Hasta el momento se han descrito al menos tres variantes diferentes en Bangladesh (caracterizada por la ausencia de 345 nucleótidos), Australia (deleción de 138 nucleótidos) y España (deleción de 62 nucleótidos). Sin embargo, hasta el momento no se había evaluado si podía tener un efecto en la evolución clínica de los pacientes.

Los datos del estudio sugieren que las deleciones en el gen ORF8 podrían llevar a una infección menos agresiva y una respuesta inmunitaria más eficaz. Este conocimiento podría favorecer diversas estrategias terapéuticas. En concreto, los autores destacan tres escenarios en los que la información obtenida sobre la variante Δ382 podría tener utilidad práctica. Por una parte, plantean que, dado que las deleciones de ORF8 parecen llevar a infecciones menos graves, podría plantearse la inhibición del gen como estrategia para mejorar la vigilancia inmunitaria de SARS-CoV-2. En segundo lugar, podría utilizarse la variante Δ382 para desarrollar modelos de infección en células humanas con los que estudiar el virus o evaluar la eficacia de una vacuna. Por último, los investigadores plantean que ORF8 podría ser importante para la adaptación del virus a la especie humana. La proteína codificada por el gen es muy inmunogénica y se producen anticuerpos frente a ella en las primeras etapas de la infección. En este contexto, el equipo plantea que ORF8 podría ser una diana a considerar en el desarrollo de vacunas, para activar la inmunidad.

Cuestiones pendientes de resolver

A nivel molecular y celular, los efectos funcionales de la variante Δ382 y las otras deleciones en el gen ORF8 no están claros. De hecho, la función de la proteína que codifica ORF8 no ha sido totalmente caracterizada, aunque se ha planteado que podría estar asociada a la evasión inmunitaria del coronavirus, lo que es coherente con los datos clínicos obtenidos de los pacientes con la variante Δ382. Lo que sí se ha determinado es que la variante Δ382 no afecta a la capacidad replicativa del virus. Serán necesarios más estudios funcionales y clínicos de las variantes de ORF8 y sus efectos para confirmar estos resultados.

Por último, los autores del trabajo reconocen ciertas limitaciones en el estudio, como el número limitado de muestras, la posibilidad de sesgos asociados a los grupos de transmisión del virus o la posibilidad de otras variables que influyan en las diferencias en la progresión de la enfermedad.

En cualquier caso, estudios como el publicado en The Lancet muestran la utilidad de estudiar las variaciones en el genoma viral para conocer el funcionamiento de SARS-CoV-2. “En nuestro estudio genético inicial reportamos una gran deleción en el gen ORF8 de SARS-CoV-2 y pensamos que podría llevar a una forma menos severa de la enfermedad en humanos, a través de una respuesta inmunitaria alterada”, señala Gavin Smith, del programa de Enfermedades Infecciosas Emergentes en la Factultad de Medicina de la Universidad Nacional de Singapur. “Comparar datos de pacientes infectados con los virus que tienen esta deleción en el gen  ORF8 confirmó esta hipótesis y proporcionó conocimiento adicional de sus efectos en la progresión de la enfermedad y la respuesta inmunitaria. Esto resalta la importancia de rastrear la diversidad genética de SARS-CoV-2, conforme el virus continúa evolucionando”.

Artículo original: Young BE, et al. Effects of a major deletion in the SARS-CoV-2 genome on the severity of infection and the inflammatory response: an observational cohort study. The Lancet. 2020. Doi: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)31757-8

Fuente: Researchers in Singapore discover new SARS-CoV-2 variant that causes less severe infections. https://www.duke-nus.edu.sg/allnews/media-releases/researchers-in-singapore-discover-new-sars-cov-2-variant-that-causes-less-severe-infections

 

¿Cuánto varía el coronavirus SARS-CoV-2?

La maquinaria de replicación de los virus no es perfecta, lo que resulta una ventaja para ellos, ya que a través de las múltiples replicaciones se produzcan mutaciones que puedan resultar de utilidad al virus. Al igual que el resto de virus, el coronavirus SARS-CoV-2, responsable de la actual pandemia de COVID-19, muta.
Gracias a la secuenciación de muestras tomadas de pacientes infectados, se dispone de un registro aproximado de los cambios que se han ido produciendo en el genoma de SARS-CoV-2 conforme se propagaba por todo el mundo. Gracias a este registro, se sabe que la variante predominante en la actualidad, no es la forma original del virus. Otra variante, denominada G614, que supone un cambio de aminoácido en la proteína S, se ha convertido en la forma prevalente. Los estudios preliminares indicaban que la variante G614 no aumenta la gravedad de la enfermedad pero podría aumentar su transmisión, ya que la proteína S tiene un papel importante en la entrada del virus a las células.

 

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