En los últimos años, la capacidad para analizar el genoma ha aumentado significativamente, hasta el punto en el que la secuenciación del genoma humano se ha convertido en una herramienta de gran utilidad para el diagnóstico, pronóstico y tratamiento de muchos pacientes.

En paralelo al crecimiento en el número de genomas humanos secuenciados, la secuenciación masiva ha permitido que cada vez haya más genomas de otros organismos secuenciados, entre ellos muchos microorganismos patógenos. Esta situación ha favorecido el desarrollo de pruebas que  identifican microorganismos en fluidos biológicos. Las pruebas metagenómicas, nombre que reciben aquellos análisis que detectan la presencia de microorganismos a partir de fragmentos de su genoma, ofrecen varias ventajas, como la posibilidad de detectar múltiples patógenos de forma simultánea, o la rapidez del método, que no necesita cultivar los microorganismos para caracterizarlos.

Con el objetivo de evaluar su utilidad en la práctica clínica, investigadores de la Universidad de California San Franciso (UCSF) han evaluado el rendimiento del análisis metagenómico  en el diagnóstico de pacientes con meningitis o encefalitis infecciosas.

Durante un año los investigadores consideraron aquellos casos graves de pacientes hospitalizados por enfermedad neurológica aguda sin diagnóstico definitivo. En total se incluyeron 204 pacientes pediátricos y adultos con meningitis, encefalitis o mielitis. El equipo diagnosticó 58 infecciones en 57 pacientes. De estas 58 infecciones el análisis metagenómico del fluido cerebroespinal de los pacientes identificó un total de 32, 13 de las cuales no habían sido identificadas por las pruebas habituales del hospital. Además, de estas 13 infecciones, 7 tuvieron un efecto clínico inmediato a al favorecer el inicio de un tratamiento adecuado.

Respecto a las infecciones no identificadas por las pruebas metagenómicas, hay que considerar que 11 de ellas fueron diagnosticadas por pruebas serológicas, 7 de muestras de tejido diferente al líquido cerebroespinal y en ocho la concentración de los patógenos era tan baja que los resultados del análisis metagenómico fueron negativos para dichos patógenos.

“El test metagenómico es solicitado generalmente como una prueba de último recurso y terminamos incluyendo a los pacientes más difíciles de diagnosticar”, señala Carles Chiu, director del centro Abbott de diagnóstico y descubrimiento de la UCSF. “Todas las pruebas microbiológicas convencionales combinadas proporcionaron diagnóstico en menos del 50% de los pacientes. Hemos mostrado que una única prueba de metagenómica puede tener un impacto importante en ese número”.

Los investigadores concluyen el estudio indicando que el análisis metagenómico del líquido cerebroespinal mejora el diagnóstico de pacientes con meningitis o encefalitis. Aunque la mayoría de casos de estas enfermedades son debidos a causas no infecciosas ,poder diferenciar los que lo son es muy importante dado que el tratamiento es diferente. “Los pacientes con encefalitis infecciosas y no infecciosas pueden ser clínicamente indistinguibles entre sí,” indica Michael Wilson, profesor asociado de neurología en la  UCSF y uno de

los autores del trabajo. “Tener una prueba de amplio espectro que discrimina entre infección o no infección puede realmente ayudar en aquellos casos en los que n está claro si hay infección o no”.

Investigación original: Wilson MR, et al.  Clinical Metagenomic Sequencing for Diagnosis of Meningitis and Encephalitis. NEJM. 2019. Doi: http://dx.doi.org/10.1056/NEJMoa1803396

Fuente: Superfast Gene Sequencing Helps Diagnose Critically Ill Patients. https://www.ucsf.edu/news/2019/06/414656/superfast-gene-sequencing-helps-diagnose-critically-ill-patients

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