Una pauta de trabajo para mejorar la comunicación y reproducibilidad de los valores poligénicos

Amparo Tolosa, Genotipia

 

Investigadores del Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano de EE.UU. han publicado una pauta de trabajo para los estudios que utilizan valores de riesgo poligénico que contribuirá a promover la validez, transparencia y reproducibilidad de estos estudios.

valores poligénicos
Uno de los objetivos de la genética aplicada a la salud es utilizar la información genética de una persona para ayudar a predecir cuál es su probabilidad  a tener enfermedades como la diabetes, la obesidad o el cáncer. Imagen: Jade Ades (National Human Genome Research Institute, EEUU).

Los recientes avances en las técnicas de análisis del ADN y las herramientas para interpretar la información hereditaria han llevado a que en los últimos años se haya empezado a abordar y estimar el peso de los genes en el desarrollo de enfermedades complejas como la diabetes, la obesidad, la enfermedad coronaria o el cáncer. El siguiente objetivo por conseguir es utilizar la información genética para ayudar a predecir cuál es la probabilidad de una persona a tener estas enfermedades. Para ello los investigadores calculan valores poligénicos y valores de riesgo poligénico que se suman e integran con otros datos de la persona como su edad, peso o información clínica.

Un valor poligénico se define como un valor único que cuantifica la predisposición genética de una persona a tener una característica concreta. Este valor se calcula a partir del genoma de la persona. Concretamente, se estima sumando los efectos de las diferentes variantes genéticas asociadas al rasgo identificadas en estudios genómicos. En ocasiones, un valor poligénico puede estar definido por decenas o miles de variantes, calculadas entre millones de posiciones variables del genoma posibles. Por otra parte, el valor de riesgo poligénico consiste en un conjunto de valores poligénicos que se utiliza para estimar el riesgo de una persona a tener una enfermedad u otra característica clínica relevante.

La utilidad clínica de los valores de riesgo poligénico tiene relevancia en la medicina preventiva, a través de la estimación del riesgo de una persona a tener una enfermedad, así como en el diagnóstico y pronóstico de enfermedades. Sin embargo, los valores de riesgo poligénico presentan algunas limitaciones. Por una parte, los métodos o aproximaciones estadísticos para calcularlos no siempre aparecen detallados en los estudios. Por otra, no todos son fácilmente reproducibles, lo que compromete su estandarización y utilización a gran escala. Estas limitaciones también afectan a las pruebas genéticas directas al consumidor, que a menudo proporcionan valores poligénicos y valores de riesgo poligénico a los usuarios.

Puesto que cada vez es más necesario disponer de estándares para el cálculo de valores poligénicos, investigadores del Grupo de Trabajo en Enfermedades Complejas y del Catálogo de Valores Poligénicos presentan en un artículo reciente en Nature una pauta de trabajo con los Estándares para Reportar Valores de Riesgo Poligénico.

“Un reto real es que la comunidad investigadora no ha adoptado ninguna mejor práctica universal para reportar los valores de riesgo poligénico”, señala Erin Ramos, subdirectora de la División de Medicina Genómica del Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano y una de las autoras del trabajo. “Con un campo creciendo de forma tan rápida, necesitamos estándares para evaluar estos valores y determinar cuáles están preparados para ser utilizados en el cuidado clínico”.

Los investigadores exponen los criterios mínimos que deben ser descritos en un manuscrito para interpretar, evaluar y reproducir los valores de riesgo poligénico utilizados con el objetivo de predecir, diagnosticar o pronosticar enfermedades o estimar la respuesta a terapias.  Los criterios hacen referencia los siguientes aspectos:

  • Tipo de estudio y propósito del modelo de riesgo.
  • Características de las poblaciones y participantes en el estudio.
  • Métodos utilizados en el desarrollo y aplicaciones del modelo de riesgo.
  • Evaluación del modelo de riesgo.
  • Limitaciones e implicaciones clínicas.
  • Disponibilidad de información suficiente para calcular el valor de riesgo poligénico en otras muestras.

Los autores recomiendan utilizar la pauta de trabajo presentada para favorecer la transparencia y reproducibilidad de los valores de riesgo poligénico en investigación y aplicaciones prácticas. “Si los investigadores pueden seguir estas recomendaciones será más directo evaluar los valores de riesgo poligénico publicados y decidir cuáles son lo más adecuados para un escenario clínico”, señala Michael Inouye, director de la Iniciativa Cambridge Baker Systems Genomics Initiative UK y uno de los directores del trabajo. “Para enfermedades como el cáncer de mama y muchas otras, seremos capaces de situar de forma responsable a los pacientes en diferentes categorías de riesgo y proporcionar estrategias de cribado y tratamientos beneficiosos. Idealmente, en el futuro, detectaremos el riesgo lo suficientemente pronto como para combatir la enfermedad de forma efectiva”.

La pauta de trabajo deriva del modelo GRIPS (Estudios de Predicción de Riesgo Genético, en sus siglas en inglés) publicado en el 2011.

Referencia: Wand H, et al. Improving reporting standards for polygenic scores in risk prediction studies. Nature. 2021. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03243-6

Fuente: Researchers develop guidelines for reporting polygenic risk scores. https://www.genome.gov/es/node/82301

 

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