Biopsia líquida y análisis epigenéticos en cáncer avanzado

Amparo Tolosa, Genotipia

La información epigenética obtenida de muestras de sangre de pacientes con cáncer avanzado puede informar sobre la evolución de la enfermedad y ayudar a seleccionar el tratamiento adecuado. 

Las biopsias líquidas han abierto una ventana al estudio y análisis de los tumores sólidos o de difícil acceso. Esta aproximación, que consiste principalmente en detectar y analizar  el ADN tumoral liberado por las células tumorales en la circulación, permite, de forma minimamente invasiva, obtener información relevante del cáncer.

En la mayoría de los casos, las biopsias líquidas están enfocadas en detectar mutaciones somáticas en el ADN relacionadas con el cáncer y se utilizan para detectar cáncer, monitorizar la aparición de estas mutaciones y seleccionar tratamientos. Esta estrategia tiene una importante utilidad clínica. No obstante, no considera otras características que también tienen relevancia en el proceso tumoral como es la regulación de la expresión génica.

Para hacer frente a esta limitación, investigadores del Instituto Dana-Farber han desarrollado un ensayo que evalúa diferentes aspectos de la regulación génica. En un primer estudio de prueba de concepto, los resultados indican que este tipo de biopsia líquida detecta diversos biomarcadores de interés para la práctica clínica.

Diferentes aspectos epigenéticos en una única biopsia líquida

El ensayo desarrollado por el equipo de Matthew Freedman, analiza diversos mecanismos epigenéticos que regulan la expresión génica sin alterar la secuencia del ADN. Más específicamente, detecta la activación de regiones reguladoras de la expresión a través de la metilación del ADN y de las modificaciones de las histonas en estas regiones.

Para probar su utilidad, los investigadores analizaron 1268 muestras de plasma de 433 personas con cáncer (de 15 tipos diferentes) o sin historia de cáncer. En estas muestras, el equipo estudió (con biomarcadores epigenéticos) regiones reguladoras de la expresión relacionadas con el cáncer, así como activación de promotores de genes como MYC o EGFR y represión de promotores de genes supresores de tumores.

Los investigadores destacan múltiples aspectos de la prueba. Uno de ellos es que proporcionan una aproximación, en plasma, a la expresión génica del cáncer. Esta característica, permite diferenciar entre tipos de cáncer.  Por ejemplo, una modificación epigenética estaba enriquecida en genes de diagnóstico para cáncer endocrino, gastrointestinal y colorrectal. Además, la prueba mide la actividad de genes que codifican para dianas de fármacos, como ERBB2, ERBB3, NECTIN4 o DLL3, lo que puede ser relevante a la hora de plantear el tratamiento de un paciente. Por otra parte, el ensayo también permitió identificar un mecanismo de resistencia a las terapias dirigidas en algunos cánceres: la diferenciación neuroendocrina.

A partir de los resultados, los investigadores concluyen que el análisis de la regulación génica en el plasma de pacientes puede identificar fenotipos clínicos relevantes. “Este estudio de prueba de concepto en cánceres avanzados muestra cómo los perfiles epigenómicos plasmáticos tienen el potencial de desvelar información clínicamente accionable a la que actualmente sólo se puede acceder mediante el muestreo directo de tejidos”, destacan los investigadores.

Los datos obtenidos por los investigadores suponen la mayor colección de información epigenética obtenida de ADN libre obtenida hasta la fecha. En combinación con los recientes avances en el conocimiento sobre las bases epigenéticas del cáncer, la prueba podría ser de gran utilidad para la práctica clínica. Una ventaja adicional, es que solo utiliza 1 mililitro de plasma de tubos y puede realizarse a partir de muestras almacenadas.

Artículo científico: Baca, S.C., Seo, JH., Davidsohn, M.P. et al. Liquid biopsy epigenomic profiling for cancer subtyping. Nat Med. 2023.  DOI: https://doi.org/10.1038/s41591-023-02605-z

Otras fuentes: 1206O – Clinical subtyping of cancer from blood based on comprehensive epigenomic profiling. https://oncologypro.esmo.org/meeting-resources/esmo-congress/clinical-subtyping-of-cancer-from-blood-based-on-comprehensive-epigenomic-profiling

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