Institutos Nacionales de Salud, EE.UU.

Las pruebas genéticas mejoradas evalúan con mayor precisión el riesgo de enfermedad independientemente de la ascendencia genética.

Para evitar que la tecnología genómica emergente contribuya a las disparidades sanitarias, un equipo científico financiado por los Institutos Nacionales de Salud de EE.UU. ha ideado nuevas formas de mejorar un método de análisis genético denominado valor de riesgo poligénico. Dado que los valores de riesgo poligénico no han sido eficaces para todas las poblaciones, los investigadores han recalibrado estas pruebas genéticas utilizando datos genómicos ancestralmente diversos. Según se publica en Nature Medicine, las pruebas optimizadas proporcionan una evaluación más precisa del riesgo de enfermedad en poblaciones diversas.

Las pruebas genéticas examinan las pequeñas diferencias entre los genomas de los individuos, conocidas como variantes genómicas, y los valores de riesgo poligénico son herramientas para evaluar muchas variantes genómicas en todo el genoma con el fin de determinar el riesgo de enfermedad de una persona. A medida que aumenta el uso de los valores de riesgo poligénico, una de las principales preocupaciones es que los conjuntos de datos genómicos utilizados para calcular estos valores suelen sobrerrepresentar a las personas de ascendencia europea.

“Últimamente, cada vez más estudios incorporan datos genómicos de múltiples ascendencias en el desarrollo de las puntuaciones de riesgo poligénico”, ha señalado Niall Lennon, científico del Instituto Broad de Cambridge (Massachusetts) y primer autor de la publicación. “Sin embargo, sigue habiendo lagunas en la representación genética ancestral en muchos valores que se han desarrollado hasta la fecha”.

Estas “lagunas” o falta de datos pueden provocar resultados falsos, en los que una persona podría tener un riesgo elevado de padecer una enfermedad pero no recibir una puntuación de alto riesgo porque sus variantes genómicas no están representadas. Aunque las disparidades sanitarias suelen deberse a la discriminación sistémica, no a la genética, estos resultados falsos son una forma en que las herramientas genéticas no equitativas pueden exacerbar las disparidades sanitarias existentes.

En el nuevo estudio, los investigadores mejoraron los valores de riesgo poligénico existentes utilizando registros sanitarios y datos genómicos ancestralmente diversos del Programa de Investigación All of Us , una iniciativa financiada por los NIH para recopilar datos sanitarios de más de un millón de personas de orígenes diversos.

El conjunto de datos All of Us representó aproximadamente el triple de individuos de ascendencia no europea en comparación con otros conjuntos de datos importantes utilizados anteriormente para calcular puntuaciones de riesgo poligénico. También incluyó ocho veces más individuos con ascendencia de dos o más poblaciones mundiales. Una buena representación de estos individuos es fundamental, ya que tienen más probabilidades que otros grupos de obtener resultados erróneos de las puntuaciones de riesgo poligénico.

Los investigadores seleccionaron valores de riesgo poligénico para 10 enfermedades comunes, como el cáncer de mama, el cáncer de próstata, la enfermedad renal crónica, la cardiopatía coronaria, el asma y la diabetes. Los valores de riesgo poligénico son especialmente útiles para evaluar el riesgo de enfermedades que son el resultado de una combinación de varios factores genéticos, como es el caso de las 10 enfermedades seleccionadas. Muchas de estas enfermedades también están asociadas a disparidades sanitarias.

Los investigadores reunieron cohortes ancestralmente diversas a partir de los datos de All of Us, incluyendo individuos con y sin cada enfermedad. Las variantes genómicas representadas en estas cohortes permitieron a los investigadores recalibrar las puntuaciones de riesgo poligénico para individuos de ascendencia no europea.

Con las puntuaciones optimizadas, los investigadores analizaron el riesgo de enfermedad en un grupo ancestralmente diverso de 2.500 individuos. Aproximadamente 1 de cada 5 participantes presentaba un riesgo elevado de padecer al menos una de las 10 enfermedades. Y lo que es más importante, los antecedentes ancestrales de estos participantes eran muy diversos, lo que demuestra que las puntuaciones de riesgo poligénico recalibradas no están sesgadas hacia las personas de ascendencia europea y son eficaces para todas las poblaciones.

“Nuestro modelo aumenta fuertemente la probabilidad de que una persona en el extremo de alto riesgo de la distribución reciba un resultado de alto riesgo, independientemente de su ascendencia genética”, dijo el Dr. Lennon. “La diversidad del conjunto de datos All of Us fue fundamental para que pudiéramos hacerlo”.

Sin embargo, estas puntuaciones optimizadas no pueden abordar por sí solas las disparidades sanitarias. “Los resultados de los valores de riesgo poligénico sólo son útiles para los pacientes que pueden tomar medidas para prevenir la enfermedad o detectarla precozmente, y las personas con menos acceso a la atención sanitaria también tendrán dificultades para realizar las actividades de seguimiento recomendadas, como revisiones más frecuentes”, afirmó el Dr. Lennon.

Aun así, este trabajo es un paso importante hacia el uso rutinario de las puntuaciones de riesgo poligénico en la clínica para beneficiar a todas las personas”. Los 2.500 participantes en este estudio representan sólo un primer vistazo a las puntuaciones de riesgo poligénico mejoradas. La Red de Genómica y Registros Médicos Electrónicos (eMERGE) de los NIH continuará esta investigación con la inscripción de un total de 25.000 participantes de poblaciones ancestralmente diversas en la siguiente fase del estudio.

Artículo científico: Lennon, N.J., Kottyan, L.C., Kachulis, C. et al. Selection, optimization and validation of ten chronic disease polygenic risk scores for clinical implementation in diverse US populations. Nat Med 30, 480–487. 2024. DOI: https://doi.org/10.1038/s41591-024-02796-z

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