Amparo Tolosa, Genotipia
Investigadores de la Universidad de Melbourne han desarrollado una herramienta online para visualizar las posibles mutaciones del coronavirus SARS-CoV-2 en el contexto de la proteína afectada. Su objetivo es facilitar la investigación del impacto de los cambios en el genoma del virus sobre su infección de las células o el desarrollo de fármacos.
COVID-3D, nombre que recibe la herramienta, permite el análisis e interpretación de las variantes genéticas del virus identificadas en las más de 125000 secuencias que se han obtenido del virus en los últimos meses. Los investigadores han analizado in silico los efectos de todas las mutaciones del virus descritas sobre la estructura de las proteínas donde se localizan y han combinado los datos obtenidos con resultados experimentales disponibles en la literatura e información de otros virus cercanos. COVID-3D integra toda esta información y permite visualizar cada variante en el contexto de la proteína afectada. Igualmente, facilita la identificación de aquellas regiones codificantes que tienen menor tolerancia a los cambios.
Gran parte de la investigación sobre SARS-CoV-2 está dirigida a la búsqueda de formas de prevenir o tratar la infección, a través del desarrollo de terapias farmacológicas. Para favorecer el descubrimiento de fármacos frente al virus, COVID-3D también incluye información sobre sitios probables de unión a fármacos y mapas de capacidad para generar antígenos que puedan ser reconocidos por el sistema inmunitario.
“Aunque el virus SARS-CoV-2 es un patógeno relativamente nuevo, su habilidad para acumular ya mutaciones a lo largo de sus genes fue evidente desde el inicio de esta pandemia”, señala David Ascher, director del trabajo e investigador del Instituto de Biotecnología y Ciencia Molecular y el Instituto Baker del Corazón y Diabetes de la Universidad de Melbourne. “En el contexto del diseño y descubrimiento de fármacos terapéuticos estas mutaciones y los patrones que acumulan dentro de las estructuras proteicas del virus pueden afectar la capacidad de las vacunas y fármacos para unirse al virus, o para crear respuesta inmunitaria específica frente a él. Por esta razón, los científicos deben no solo intentar controlar el virus sino adelantarse a él prediciendo cómo cambiará con el tiempo”.
El equipo de investigadores ha presentado una muestra del potencial de la herramienta en un artículo publicado en Nature Genetics, donde utilizan COVID-3D en el contexto de la proteína S, implicada en la entrada del virus a las células humanas, y la principal proteasa .
Los datos de COVID-3D se irán actualizando conforme se obtengan más secuencias de SARS-CoV-2, se identifiquen más variantes y se vaya obteniendo más información sobre el virus.
COVID-3D se une así a la batería de recursos online dirigidos a facilitar el trabajo de los investigadores Recientemente, el conocido explorador de genomas UCSC Genome Browser incorporó una adaptación para visualizar el genoma de SARS-CoV-2.
Artículo original: Portelli S, et al. Exploring the structural distribution of genetic variation in SARS-CoV-2 with the COVID-3D online resource. Nature Genetics. 2020. Doi: https://doi.org/10.1038/s41588-020-0693-3
Fuente: New tool outsmarts COVID-19 virus to help vaccine development. https://about.unimelb.edu.au/newsroom/news/2020/september/new-tool-outsmarts-covid-19-virus-to-help-vaccine-development
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