Análisis genómico como alternativa al análisis citogenético en cáncer mieloide

Amparo Tolosa, Genotipia

Investigadores de la Universidad de Washington en San Luis han demostrado que la secuenciación de genomas completos es tan precisa como los análisis citogenéticos para tomar decisiones médicas en pacientes con cáncer mieloide. Los resultados del trabajo, publicados en la revista New England Journal of Medicine, indican que la secuenciación genómica tiene utilidad clínica en el manejo de pacientes con leucemia mieloide y síndrome mielodisplásico y ofrecen una estrategia potencial para otros tipos de cáncer.

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Muestra de médula ósea de un paciente con síndrome mielodisplásico. Imagen: Eric Duncavage.

La realización de pruebas genéticas se ha convertido en una práctica habitual en el ámbito de la oncología. En algunos tipos de cáncer como el cáncer del pulmón o la leucemia mieloide aguda, conocer el perfil genético de las células tumorales permite proporcionar un diagnóstico más preciso e identificar qué pacientes podrán responder a una terapia.

Las alteraciones genéticas asociadas al cáncer abarcan desde cambios puntuales en la secuencia del ADN a grandes reorganizaciones cromosómicas. Hasta el momento, para determinar cuáles están presentes en un tumor se realizaban diversas pruebas, adaptadas al tipo de alteración que se pretende buscar. En el caso de la leucemia mieloide aguda y el síndrome mielodisplásico, por ejemplo, la presencia de ciertos reorganizaciones cromosómicas es un criterio utilizado en la clasificación clínica y se evalúa a través de análisis citogenético, mientras que las mutaciones puntuales suelen estudiarse mediante secuenciación.

La reciente investigación de la Universidad de Washington en San Luis señala que la secuenciación de genomas completos ya ofrece resultados comparables a otras técnicas tradicionales que llevan utilizándose durante décadas. “Escoger la terapia apropiada para los pacientes de cáncer depende a menudo de identificar un rango de diferentes tipos de cambios genéticos en las células tumorales de un paciente”, señala David H Spencer, profesor de Medicina, director médico de las instalaciones de secuenciación clínica del Instituto McDonnel del Genoma de la Universidad de Washington en San Luis y uno de los directores del trabajo. “Nuestro estudio sugiere que la secuenciación de genomas completos es una aproximación fiable y práctica para detectar todos los cambios que son importantes para evaluar el riesgo de recaída en pacientes de leucemia mieloide aguda o síndromes mielodisplásicos con una sola prueba”.

Los investigadores utilizaron una aproximación basada en secuenciación de genomas completos para obtener los perfiles genómicos de 263 pacientes con cáncer mieloide y compararon su rendimiento con los resultados que se habían obtenido previamente para el análisis citogenético de 235 de ellos. Para optimizar todo el proceso y minimizar el tiempo en obtener resultados, los investigadores adaptaron cada paso, desde la preparación de la muestra al análisis de datos según las recomendaciones de la Red Europea de Leucemia. De esta forma consiguieron generar informes de resultados en tan solo tres días para algunos pacientes.

Al comparar el estudio genómico y el estudio citogenético de las muestras de los pacientes, los investigadores han encontrado que son equiparables. A través del análisis del genoma pudieron detectar las 40 traslocaciones cromosómicas recurrentes y las 91 alteraciones en número de copias de fragmentos de ADN encontradas por técnicas citogenéticas. Además, la estrategia genómica ha identificado nuevos eventos genómicos relevantes a nivel clínico en 40 de los 235 pacientes y ha permitido reasignar a algunos pacientes a diferentes grupos de riesgo.

Por último, la principal relevancia de la aproximación de secuenciar el genoma completo de muestras de los pacientes es que ha hecho posible asignar un grupo a los pacientes en los que el análisis citogenético no había proporcionado resultados. Esto es especialmente importante ya que en función de las alteraciones presentes en cada paciente se puede estimar, por ejemplo, si responderá al tratamiento con quimioterapia o si es necesario realizar también un trasplante de células madre con quimioterapia.

“Los resultados inconcluyentes son extremadamente frustrantes, porque queremos ser capaces de ofrecer a los pacientes el tratamiento más apropiado al inicio de la terapia”, destaca Timothy Ley, profesor de Medicina en la Universidad de Washington en San Luis. “Aunque una prueba genética limitada tiene valor, pueden perderse resultados importantes que a menudo son relevantes para las opciones de terapia. Hemos trabajado durante años en un protocolo para la secuenciación de genomas completos para que pueda utilizarse de forma rutinaria.

Los investigadores resaltan en el artículo que la principal barrera a la hora de implementar su estrategia genómica es el coste económico. No obstante, con la continua disminución en el coste de secuenciar un genoma, estiman que el coste por paciente podría oscilar entre los 1000 y 2000 dólares.

Los resultados del trabajo presentan a la secuenciación de genomas como una herramienta precisa para detectar los diferentes tipos de alteraciones genéticas relevantes a nivel clínico para pacientes con leucemia mieloide aguda o síndromes mielodisplásicos. “Mostramos que la secuenciación de genomas a alcanzado un punto en el que es práctica, rápida, económica, factible clínicamente y accesible para el análisis rutinario de pacientes”, señala Spencer.

De momento, serán necesarios estudios con más pacientes para confirmar el rendimiento clínico de la secuenciación de genomas completos. Mientras tanto, los investigadores responsables del proyecto se muestran muy confiados con los resultados que proporciona esta aproximación en aquellos pacientes donde los análisis citogenéticos no han proporcionado resultados concluyentes. Además, destacan que, aunque el estudio está enfocado hacia los cánceres mieloides, la estrategia podía extenderse a pacientes con otros tipos de cáncer.

Referencia: Duncavage EJ, et al. Genome Sequencing as an Alternative to Cytogenetic Analysis in Myeloid Cancers. N Engl J Med. 2021 Mar 11;384(10):924-935. doi: http://dx.doi.org/10.1056/NEJMoa2024534

Fuente: Promising role for whole genome sequencing in guiding blood cancer treatment. https://medicine.wustl.edu/news/for-blood-cancers-whole-genome-sequencing-may-be-able-to-replace-standard-genetic-tests-that-guide-therapy/

 

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