El genoma del coronavirus de Wuhan a disposición de la comunidad científica

Amparo Tolosa, Genotipia

El genoma completo del coronavirus de Wuhan ya está disponible en el UCSC Genome Browser, una de las aplicaciones web más conocidas para  obtener información del  genoma de un organismo o especie. La secuencia del virus, de 29.903 letras, estará a disposición de los investigadores para conocer mejor el funcionamiento del virus e identificar sus puntos débiles.

El coronavirus de Wuhan,  cuyo nombre oficial es 2019-nCoV, ya es responsable de más de 900 muertes y más de 40.000 personas infectadas en  todo el mundo.  Conocer el genoma del virus, así como las  diferentes versiones  que pueden encontrarse en los pacientes, tiene importantes aplicaciones epidemiológicas y biomédicas. Es el primer paso para investigar el origen del virus y estudiar su evolución y propagación, así como un elemento clave a la hora de desarrollar una vacuna para impedir la infección. Por ejemplo, gracias al análisis del genoma del virus, se ha estimado que hubo un único caso de transmisión del virus a humanos y el resto de infecciones se corresponde a transmisiones entre personas.

Como parte de los esfuerzos destinados para conocer mejor al nuevo agente infeccioso, el Instituto de Genómica de la Universidad de California Santa Cruz (UCSC) ha incluido la secuencia de su genoma en su conocido navegador de genomas. El UCSC Genome Browser incorpora la información de las diferentes secuencias del coronavirus 2019-nCoV obtenidas de muestras de pacientes y depositadas en el repositorio internacional del Instituto Nacional de Biotecnología (NCBI) de EEUU.

 

coronavirus de wuhan
Estructura del coronavirus de Wuhan. Imagen: CDC/ Alissa Eckert, MS; Dan Higgins, MAM.

 

Dentro de las diferentes herramientas de análisis del genoma, el navegador de la universidad UCSC incluye una específica para identificar qué secciones del genoma son susceptibles de ser modificadas mediante el sistema de edición del genoma CRISPR. Esta característica podría facilitar la investigación sobre qué genes o regiones del genoma son más interesantes para desarrollar estrategias terapéuticas.

El coronavirus 2019-cCoV tiene aproximadamente 10 genes, informa  Hiram Clawson, ingeniero en el UCSC Genome Browser. Entre ellos, destaca el gen de mayor tamaño del genoma del coronavirus, que codifica para una estructura que el virus utiliza para entrar en las células y secuestrar la maquinaria de la célula para reproducirse. Clawson apunta a que cambios en este gen podrían afectar a la virulencia del virus, lo que podría ser relevante a la hora de diseñar una forma atenuada que pudiera actuar como vacuna.

En paralelo a la publicación del genoma del coronavirus 2019-nCoV en el UCSC Genome Browser, diferentes grupos de investigación dedicados al estudio del coronavirus 2019-nCoV han empezado a compartir de forma pública las secuencias del virus obtenidas de pacientes infectados para favorecer la investigación. Uno de los medios elegidos es la plataforma GISAID, una iniciativa creada originalmente para compartir información sobre el virus de la gripe. Desde  la página de GISAID  pueden descargarse las secuencias del coronavirus proporcionadas por varios países, además de ver en tiempo real el número de infectados en cada país, en todo el mundo o la evolución en el tiempo transcurrido desde la primera infección del genoma del virus.

Tanto el UCSC Genome Browser como GISAID funcionan como repositorios para que los investigadores puedan incluir secuencias del virus. Además, el UCSC dispone de múltiples  herramientas adicionales para analizar el genoma y GISAID incluye herramientas de análisis de la epidemia y evolución del virus.

ACTUALIZACIÓN 13-02-2019:

El coronavirus responsable de la epidemia iniciada en Wuhan ha sido nombrado oficialmente por la OMS como SARS-CoV-2 debido a su similitud al virus que en 2003 causó una epidemia de SARS. La enfermedad causada por el virus SARS-CoV-2 se ha denominado COVID-19.

 

Fuentes:

UCSC Genome Browser posts the coronavirus genome. https://www.soe.ucsc.edu/news/ucsc-genome-browser-posts-coronavirus-genome

El genoma del coronavirus 2019-nCoV está disponible en el enlace: https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=wuhCor1

GISAID. https://www.gisaid.org/

OMS: https://www.who.int/es/dg/speeches/detail/who-director-general-s-remarks-at-the-media-briefing-on-2019-ncov-on-11-february-2020

 

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