Una técnica aplicable a la detección de CNVs y a la producción de librerías para NGS en un solo paso

Felipe Javier Chaves, Fundación Investigación Clínico de Valencia-INCLIVA, Sequencing Multiplex SL (I+d+I, Seqplexing),  Centro de Investigación  Biomédica en Red de Diabetes y Enfermedades Metabólicas

 

Las CNVs (variaciones en el número de copias de ADN) suponen la pérdida o ganancia desde unos cientos de bases hasta cientos de miles o millones de nuestro ADN. Muchas de ellas causan enfermedades hereditarias y/o están implicadas en el desarrollo y evolución de tumores. Por sus características, las CNVs necesitan métodos específicos para su detección. Actualmente, la detección de CNVs se realiza principalmente mediante una MLPA.

CNVs
Representación de la técnica y tiempos asociados. Imagen: Blesa S, et al. Easy One-Step Amplification and Labeling Procedure for Copy Number Variation Detection. Clin Chem. 2020 Mar 1;66(3):463-473. doi: http://dx.doi.org/10.1093/clinchem/hvaa002

Sequencing Multiplex SL ha desarrollado, en colaboración con INCLIVA, la técnica Easy one-step amplification and labeling para la detección de “copy number variations” o CNVs (EOSAL-CNVs) para la que se ha solicitado la correspondiente patente.

El presente trabajo tenía como principal objetivo el desarrollo de esta técnica y verificar que permite la detección de CNVs de forma fiable para su uso en diagnóstico genético de diferentes enfermedades e investigación. El trabajo muestra diferentes pasos de verificación y la validación con más de 250 muestras que presentan CNVs en diferentes genes. Mediante este trabajo hemos analizado los genes BRCA1, BRCA2, CHECK2, MLH1, MSH2, EPCAM y el cromosoma 17, especialmente para detectar CNVs que afecten al gen TP53. Los estudios en los primeros genes se han realizado para el estudio de mutaciones germinales mientras que el estudio del cromosoma 17 se ha realizado para la detección de CNVs somáticas. Es decir, la técnica puede ser empleada tanto para el estudio de CNVs que afectan a un solo gen o para regiones más amplias del genoma tanto para el estudio de enfermedades hereditarias como en tumores.

Nuestra metodología supone un importante avance al reducir costes y tiempo de trabajo en el desarrollo de estos estudios, siendo una técnica totalmente fiable. Finalmente hay que remarcar que, en base a esta técnica, Seqplexing está desarrollando librerías para Secuenciación Masiva o de Nueva Generación (NGS) que solo requieren un paso de PCR. Los sistemas actuales requieren, al menos, dos pasos de amplificación o 1 de amplificación y otro de ligación, o bien se basan en procedimientos mucho más largos.

Referencia: Blesa S, et al. Easy One-Step Amplification and Labeling Procedure for Copy Number Variation Detection. Clin Chem. 2020 Mar 1;66(3):463-473. doi: http://dx.doi.org/10.1093/clinchem/hvaa002

 

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