Recomendaciones para el cribado de portadores de mutaciones en el gen CFTR
Amparo Tolosa, Genotipia
El Colegio Americano de Genética médica y Genómica (ACMG) ha publicado una actualización de las recomendaciones para las pruebas genéticas dirigidas a identificar portadores de mutaciones que pueden causar fibrosis quística.
Variantes patogénicas en el gen CFTR pueden causar fibrosis quística y otras condiciones relacionadas. En 2004 el Colegio Americano de Genética Médica y Genómica publicó una lista con 23 variantes patogénicas de CFTR recomendadas para el cribado de portadores. Este tipo de prueba genética se utiliza para determinar si una persona posee una variante genética asociada con una enfermedad que requiere la presencia de dos variantes patogénicas para manifestar un fenotipo, como ocurre con la fibrosis quística.
Hasta ahora el conjunto de variantes de CFTR patogénicas recomendadas (que representa un mínimo de las más de 250 identificadas), dirigidas especialmente a población de origen europeo y judíos ashkenazi, permanecía invariable desde su publicación. Ante las mejoras producidas en la secuenciación de ADN y en la clasificación e interpretación de variantes expertos del Colegio Americano de Genética Médica y Genómica han elaborado una nueva lista actualizada que incluye un conjunto de 100 variantes.
«Cuando se desarrolló originalmente, la lista anterior de variantes estableció el estándar para el cribado de portadores de fibrosis quística en el país. Ahora que nuestras bases de datos y tecnologías han evolucionado, era hora de elevar el nivel y establecer un nuevo estándar mínimo”, ha señalado el autor principal de las recomendaciones, Joshua L. Deignan, miembro del Colegio Americano de Genética Médica y Genómica. “Este nuevo conjunto de variantes recomendadas debería ayudar a garantizar que la detección de variantes en CFTR sea más equitativa entre individuos que representen una variedad de ancestros biogeográficos», ha destacado Deignan.
La selección de las 100 variantes recomendadas está basada en los datos derivados de diferentes bases de datos como ClinVar o CFTR2. Además, el conjunto mínimo de variantes está presente en la Base de Datos de Agregación del Genoma (gnomAD), repositorio de variación genética de la población derivado de datos de secuenciación armonizados, y disponibles públicamente.
Para esta versión de 2023, señala el comunicado del Colegio Americano de Genética Médica y Genómica “se utilizó un enfoque conservador con un marco que solo incorpora variantes patogénicas y probablemente patogénicas bien establecidas para minimizar las preocupaciones de que las personas tomen decisiones reproductivas basadas en información limitada”. Las versiones futuras del conjunto mínimo de variantes recomendadas deberán evaluar la viabilidad y utilidad de incorporar información de otras poblaciones, para incluir mayor diversidad poblacional. Igualmente deberá valorarse la inclusión de variantes de menor frecuencia.
Los autores de las recomendaciones destacan que el conjunto de 100 variantes representa un mínimo, no un límite en el número total de variantes que los laboratorios pueden elegir evaluar. Además, resaltan que, puesto que las plataformas de análisis y métodos cambiarán con el tiempo, no han considerado las limitaciones en estos aspectos a la hora de seleccionar las variantes.
Las nuevas recomendaciones y lista de 100 variantes mínimas se aplican únicamente al cribado de portadores. No se aplican al análisis diagnóstico ni a los cribados de recién nacidos, en cuyo se aplican los estándares técnicos actualizados en 2020.
Bibliografía
Nuevas recomendaciones: Deignan JL, et al. Updated recommendations for CFTR carrier screening: A position statement of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet Med. 2023 Jun 9:100867. doi: http://dx.doi.org/10.1016/j.gim.2023.100867
Estándares técnicos del análisis de variantes genéticas en CFTR: Deignan JL, et al. CFTR variant testing: a technical standard of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet Med. 2020 Aug;22(8):1288-1295. doi: http://dx.doi.org/10.1038/s41436-020-0822-5
Recomendaciones para el cribado de condiciones autosómicas recesivas o ligadas al cromosoma X durante el embarazo y preconcepción. Gregg AR, et al. Screening for autosomal recessive and X-linked conditions during pregnancy and preconception: a practice resource of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet Med. 2021 Oct;23(10):1793-1806. doi: http://dx.doi.org/10.1038/s41436-021-01203-z
Fuente: Which CFTR variants should be tested by laboratories? New recommendations. https://medicalxpress.com/news/2023-06-cftr-variants-laboratories.html
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