Beneficios de la secuenciación de genomas en diagnóstico y manejo del sarcoma

La secuenciación del genoma completo identifica dianas de tratamiento en uno de cada tres pacientes con sarcoma, revela un estudio reciente de la iniciativa Genomics England. 

Los sarcomas son un grupo amplio de tipos de cáncer que se originan en los huesos y  tejidos conectivos del cuerpo. Una característica principal de este tipo de cáncer es su diversidad, a nivel de tejido, de características moleculares, y de evolución clínica, lo que dificulta su diagnóstico y tratamiento. 

El diagnóstico de los sarcomas ya se beneficia de la realización de pruebas genéticas donde se analizan los genes implicados más frecuentes. Sin embargo, estas pruebas no permiten capturar la amplia diversidad de tipos de mutaciones que se relacionan con la enfermedad. 

Como parte de su objetivo de mejorar los diagnósticos y tratamientos a través de la genómica, la iniciativa del gobierno de Reino Unido conocida como Genomics England ha evaluado si la secuenciación de genoma completo podría mejorar el manejo clínico de los pacientes con sarcoma. Los primeros resultados, publicados en el British Journal of Cancer, indican que sí. 

“Este estudio demuestra que la secuenciación del genoma completo cambia las reglas del juego en el diagnóstico y tratamiento de los pacientes con sarcoma”, ha destacado  James Watkins, jefe clínico de Patología Molecular en el Centro de Laboratorios Genómicos del Este de Reino Unido. “El diagnóstico es especialmente difícil porque los sarcomas son muy variables y los tumores no sarcomatosos también pueden parecerse a un sarcoma”. Watkins destaca que es esencial obtener un diagnóstico preciso para garantizar un tratamiento óptimo, y los métodos de diagnóstico actuales suelen ser insuficientes para ello. “El sarcoma también puede ser difícil de tratar y la secuenciación del genoma completo nos permite examinar cada gen de la célula para buscar posibles opciones de tratamiento personalizado en beneficio del paciente”, indica el investigador. 

Doble secuenciación de genoma completo en pacientes con sarcoma

En el estudio, investigadores de la Fundación de los Hospitales de la Universidad de Cambridge del Sistema Nacional de Salud de Reino Unido, ofrecieron secuenciación de genoma completo  como aproximación estándar de atención a 67 pacientes con sarcoma. Así, para cada uno de los pacientes, los investigadores analizaron la secuencia completa del ADN tumoral y la compararon con la secuencia del ADN de tejido sano. Mediante esta estrategia, sería posible determinar qué mutaciones estaban implicadas en el sarcoma y qué mutaciones habían conferido riesgo genético a los pacientes a lo largo de su vida. 

Los resultados fueron significativos: la secuenciación de genomas completos permitió mejorar el diagnóstico en el 37% de los casos de sarcoma. En algunos casos, permitió resolver con mayor seguridad si el paciente tenía un sarcoma u otro tipo de cáncer y en otros si se trataba de un sarcoma maligno o otra condición benigna. 

También permitió establecer un pronóstico más preciso para 16 de los pacientes que participaron en el estudio. Además, la secuenciación de genoma completo reveló posibles dianas terapéuticas personalizadas en uno de cada tres pacientes. Entre estas dianas destacan genes como AKT, PDL1 o FGFR, así como procesos susceptibles de tratarse con inhibición de PARP o inhibidores de puntos de control inmunitario. 

Por último, la estrategia de comparar el genoma tumoral con el genoma de tejido sano permitió identificar alteraciones germinales relevantes a nivel clínico en un 4% de los casos.

La secuenciación de genoma completo ofrece la visión más completa del sarcoma

El estudio muestra que la secuenciación de genomas completos proporciona una visión detallada y de utilidad clínica del genoma de los pacientes con sarcoma. Esta estrategia permite detectar variantes genómicas que no habrían sido identificadas mediante los paneles de pruebas moleculares convencionales, como alteraciones en genes raramente asociados con el cáncer, fusiones de genes específicas de sarcomas o cambios en el número de copias que pueden ser relevantes para el diagnóstico y tratamiento. 

Otra ventaja que destacan los investigadores es que la secuenciación de genoma completo simplifica el trabajo de los laboratorios clínicos al reducir la necesidad de diferentes ensayos para evaluar todos los tipos de variantes. Además, el análisis genómico abre la puerta a una mejor comprensión de los sarcomas, con el potencial de descubrir nuevas anomalías genómicas y correlaciones clínicas. 

A pesar de sus beneficios, la implementación rutinaria de la secuenciación de genomas completos en pacientes con sarcomas también tiene algunas cuestiones que solucionar, como la disponibilidad de tejido para obtener ADN, la capacitación de los equipos clínicos y de laboratorio, y la interpretación de los datos de secuenciación generados. A medida que las tecnologías y los protocolos se perfeccionan, se espera que la secuenciación de genomas se convierta en un estándar de atención en oncología.

Artículo científico: Watkins, J.A., Trotman, J., Tadross, J.A. et al. Introduction and impact of routine whole genome sequencing in the diagnosis and management of sarcoma. Br J Cancer (2024). https://doi.org/10.1038/s41416-024-02721-8

Fuente: Whole genome sequencing ‘game changer’ for diagnosis and personalised treatment of adult patients with cancer. https://www.genomicsengland.co.uk/news/whole-genome-sequencing-game-changer-for-diagnosis-and-personalised-treatment-of-adult-patients-with-cancer

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