Recomendaciones para la confirmación de variantes germinales detectadas mediante NGS

Recomendaciones para la confirmación de variantes germinales detectadas mediante NGS
Amparo Tolosa, Genotipia

La Asociación de Patología Molecular y la Sociedad Nacional de Asesores Genéticos de EE.UU. han publicado un informe con recomendaciones para estandarizar la confirmación de variantes genéticas germinales detectadas mediante secuenciación masiva (NGS).

Las técnicas de secuenciación masiva representan uno de los avances más importantes para el diagnóstico genético. Sus múltiples ventajas, como la posibilidad de analizar múltiples muestras de forma simultánea, han llevado a que se hayan integrado rápidamente en la práctica clínica.

Sin embargo, también presentan algunas limitaciones, como por ejemplo, que su precisión para identificar variantes genéticas puede variar en función de la calidad o tipo de muestra. Debido a esta cuestión, inicialmente se estableció la necesidad de realizar pruebas confirmatorias cuando se detectara una variante germinal. El problema es que la estrategia o aproximación de confirmación de estas variantes no siempre es la misma entre laboratorios.

Con el objetivo de estandarizar las prácticas de confirmación ortogonal (confirmación adquirida por métodos diferentes)  y limitar el reporte de falsos positivos, la Asociación Americana de Patología de EE.UU. ha reunido a un grupo específico de expertos para evaluar las evidencias actuales en esta materia. El resultado es un informe publicado recientemente en The Journal of Molecular Diagnostics.

«Este nuevo informe proporciona recomendaciones para las prácticas de confirmación ortogonal que, en conjunto con las pautas existentes, están diseñadas para promover la estandarización, la transparencia y la mejora de la calidad entre los laboratorios», ha destacado Kristy R. Crooks, profesora en la Universidad de Colorado y coordinadora del grupo de expertos que ha elaborado el informe.

Ocho recomendaciones para la confirmación de variantes

A partir de la revisión exhaustiva de la literatura publicada sobre el tema, datos empíricos, encuestas a laboratorios de análisis y experiencias profesionales, los investigadores responsables del informe plantean ocho recomendaciones de “buenas prácticas” para la confirmación de variantes genéticas germinales (constitutivas, presentes desde el nacimiento) detectadas por secuenciación masiva.

Estas recomendaciones son las siguientes:

1. Los laboratorios clínicos que ofrecen pruebas de ADN que identifiquen variantes germinales utilizando NGS deberían establecer por escrito una política con respecto a la confirmación de los resultados de NGS.
2. La política de confirmación de los laboratorios debería ser supervisada y aprobada por un profesional médico cualificado y debidamente certificado, con formación y experiencia en NGS.
3. Los métodos de confirmación, plataformas y bioinformática asociada de los laboratorios deberían ser validados y mantenidos bajo la supervisión regulatoria adecuada, al igual que otros aspectos de la prueba.
4. Los métodos de confirmación de los laboratorios deben ser ortogonales  (deben evaluar por diferentes métodos la misma característica). Los resultados discrepantes entre NGS y un ensayo confirmatorio deben ser investigados y resueltos, en lugar de aceptar que cualquier metodología sea siempre correcta.
5. Los laboratorios deben realizar pruebas de confirmación para las variantes germinales identificadas que tienen implicaciones clínicas significativas, excepto para las variantes que cumplen criterios técnicos rigurosamente demostrados que garantizan un alto valor predictivo positivo únicamente con NGS. En este sentido los laboratorios deberían evaluar los riesgos de decidir qué variantes requieren confirmación.
6. Los laboratorios deben articular claramente sus políticas específicas, criterios y métodos con respecto a la confirmación ortogonal en materiales escritos disponibles fácilmente a través de una solicitud.
7. Los informes de pruebas clínicas de los laboratorios deberían resumir la política de confirmación ortogonal en cada informe y, cuando se hagan excepciones a esta política, debería indicarse claramente.
8. Se aplican consideraciones especiales a ciertos tipos de pruebas y hallazgos basados en NGS, como por ejemplo la confirmación de identidad de la muestra, variantes en mosaico, obtención de haplotipos o variantes análisis en otros miembros de la familia, entre otros.

Un informe dirigido a mejorar la práctica clínica

Determinar cuándo es necesario realizar confirmación de una variante genética puede tener consecuencias para el diagnóstico o tratamiento de un paciente. Esta decisión depende de criterios técnicos y médicos. Los primeros evalúan la probabilidad de que un resultado positivo sea un falso positivo y los segundos consideran cómo de probable es que la variante tenga un impacto.

«Este nuevo informe tiene como objetivo resumir el estado actual colectivo del conocimiento y guiar a los profesionales de laboratorio clínico en lo que respecta a la confirmación ortogonal de variantes germinales», ha destacado Susan Hsiao, profesora asociada de Patología y Biología Celular en la Facultad de Medicina de la Universidad de Columbia y coordinadora del Comité de Práctica Clínica de la Asociación de Patología Molecular de EE.UU. «La Asociación de Patología Molecular continuará evaluando y modificando nuestras pautas a medida que la metodología y la bioinformática relacionadas con la detección de variantes basada en NGS se desarrollen, como parte de nuestro compromiso continuo de mejorar la práctica clínica y la atención al paciente».

Referencia: Crooks KR, et al. Recommendations for Next-Generation Sequencing Germline Variant Confirmation: A Joint Report of the Association for Molecular Pathology and National Society of Genetic Counselors. J Mol Diagn. 2023 May 17:S1525-1578(23)00103-4. doi: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmoldx.2023.03.012

Fuente: AMP offers evidence-based recommendations for next-generation sequencing germline variant confirmation. https://www.eurekalert.org/news-releases/989756

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